Есть оказывается в недрах Windows Server 2012 R2 такие задания в планировщике называемые "Regular Maintenance", которое стартует в 2 часа ночи по умолчанию, и ещё "Maintenance Configurator" который следит чтобы его братцу не наваляли и не вырубили. Оба находятся в шедулере по такому пути \Microsoft\Windows\TaskScheduler\ и именно оба задания нужно отключить, чтобы остановить беспредел от Майкрософта. Сделать это через интерфейс планировщика заданий к огромному счастью системных администраторов нельзя. Но и на хитрую жопу найдётся хер с винтом. Делаем так. Качаем PsTools от Марка Руссиновича (Марк, спасибо, мой хороший! Хоть ты и майкрософтовский прислужник :) ) и с другого компа (это важно, с того же на котором нужно отключить ничего не выйдет) находим среди утилит psexec.exe даём такие в консоли команды:

psexec \\server -s schtasks /change /tn "\Microsoft\Windows\TaskScheduler\Maintenance Configurator" /DISABLE

psexec \\server -s schtasks /change /tn "\Microsoft\Windows\TaskScheduler\Regular Maintenance" /DISABLE